Logiciel d’analyse d’images IN Carta
Fournit des résultats quantitatifs solides à partir d’images et d’ensembles de données biologiques complexes.
Passez rapidement et de manière fiable du test aux informations grâce aux systèmes d’imagerie ImageXpress et au logiciel IN Carta
Le logiciel d’analyse d’images IN Carta® résout les problèmes d’analyse d’images complexes en utilisant l’intelligence artificielle (IA) avancée qui transforme les images en données qui peuvent être interprétées facilement. Des protocoles faciles à utiliser vous permettent d’obtenir des réponses plus rapidement à partir d’expériences en 2D, 3D et 4D. Grâce à l’intégration de notre application Éditeur de modules personnalisés, vous pouvez définir des protocoles d’analyse d’images hautement personnalisés, ce qui vous permet d’obtenir des résultats probants, même pour des tests complexes, puis de visualiser et d’analyser rapidement les résultats d’analyse et d’y réagir. Laissez le logiciel IN Carta faire le plus gros du travail afin de vous concentrer sur vos recherches.
Puissance
Les protocoles guidés et le traitement évolutif par lots augmentent la productivité et réduisent le délai de réponse. Les expériences peuvent être rapidement mises en place et l’analyse de plusieurs puits est réalisée en parallèle.
Perspicacité
L’apprentissage automatique vous aide à exploiter plus d’informations et à accroître la précision de l’analyse des données de criblage haut contenu afin de faire de nouvelles découvertes en toute confiance.
Intuitivité
L’expérience utilisateur moderne et la technologie de pointe réduisent la courbe d’apprentissage du logiciel et élimine les obstacles à la productivité.
Logiciel d’analyse d’images IN Carta
Caractéristiques
Apprentissage profond
Améliorez la spécificité de vos flux de travail en matière d’analyse d’images en utilisant le module SINAP. SINAP s’appuie sur l’analyse d’images basée sur l’apprentissage profond, ce qui permet une segmentation robuste pour pratiquement toutes les structures biologiques.
Démarrage par une liste de travail
Naviguez vers un répertoire parent et renseignez votre liste de travail avec des ensembles de données d’image d’intérêt ou utilisez simplement l’outil de recherche pour les retrouver.
Analyse de données basée sur l’IA
Exploitez la puissance de l’apprentissage machine sans être un spécialiste des données. Identifiez et quantifiez les variations phénotypiques dans un flux de travail facile à utiliser. Explorez vos données et obtenez des informations à partir d’ensembles de données complexes. Trouvez des phénotypes nouveaux et inattendus en quelques clics de souris.
Personnalisation
Naviguez et passez en revue des images issues d’expériences, créez des protocoles d’analyse d’images de complexité différente et ajoutez une classification des données à la demande. Visualisez les résultats d’analyse en utilisant un lien de données à 360° entre les images, le tableau de données et les graphiques.
Analyse 3D
L’application 3D de l’Éditeur de modules personnalisés offre une flexibilité sans précédent en matière de segmentation des structures biologiques complexes. Les ensembles de données d’image peuvent être acquis en 3D ou 4D (3D séquentielle) et des routines d’analyse d’images personnalisées peuvent être développées dans le cadre d’un flux de travail guidé.
Analyse et suivi des lots
Analysez de multiples expériences en mode d’analyse par lot avec un ou plusieurs protocoles d’analyse. Surveillez le statut de toutes les tâches soumises et surveillez leur progression en temps réel.
Flexi-Protocol
L’application Flexi-Protocol permet de créer des protocoles d’analyse personnalisés de complexité variable en ajoutant autant d’étapes d’analyse que nécessaire. Chaque étape d’analyse peut contenir un prétraitement des images et une opération post-traitement du masque d’objet pour une meilleure adaptation au test spécifique. Les volets d’analyse et de visualisation d’images reconçus peuvent être développés ou réduits selon l’endroit où l’accent doit être porté.
- Simple ou complexe : Créez le protocole d’analyse dont vous avez besoin pour le test d’intérêt. Segmentez et extrayez les mesures d’un nombre quelconque de canaux.
- Personnalisé : Définissez la hiérarchie de cible dans le protocole via la liaison aux cibles. Utilisez l’option Custom Measure pour calculer des mesures supplémentaires pour une cible biologique.
- Convaincant : Exploitez l’option de segmentation de l’apprentissage profond (deep learning) à toute étape de l’analyse. Les masques cibles peuvent être combinés au moyen d’opérations logiques.
- Facile à utiliser : L’interface utilisateur intuitive avec des volets dynamiques permet un développement de protocole ciblé.
- L’aide n’est qu’à un clic : Accédez facilement à l’aide contextuelle avec un guide d’utilisation interactif et interrogeable.
IN Carta SINAP
SINAP est un module qui utilise des algorithmes d’apprentissage profond pour améliorer la précision et la fiabilité des tests de criblage haut contenu lors de la première étape du train d’analyses, la segmentation. Il permet une meilleure détection des objets que les méthodes traditionnelles d’analyse d’images. Les modèles d’apprentissage profond peuvent être facilement personnalisés au sein d’un outil facile à utiliser, de sorte que tout nouvel objet biologique peut être segmenté efficacement. Les informations quantitatives extraites à partir d’objets segmentés sont plus précises et les erreurs ne se propagent pas dans le pipeline d’analyses.
Grâce à SINAP, la segmentation n’est pas un problème !
- Précision : L’apprentissage profond peut conserver la précision sur des échantillons difficiles à segmenter, notamment des cellules confluentes, des échantillons à faible rapport signal/bruit et des images à lumière transmise.
- Fiabilité : Les modèles SINAP peuvent représenter la variabilité phénotypique élevée.
- Flexibilité : Un seul et même protocole permet de traiter un grand nombre d’applications et de modalités d’imagerie.
- Accessibilité : Le modèle entraîné apprend à segmenter sur l’image à partir de vos dessins plutôt qu’en vous demandant de développer un train de traitement d’images et d’optimiser de multiples paramètres.
Les modèles d’apprentissage profond SINAP personnalisés segmentent des régions spécifiques (corps entier, tête, yeux, cerveau) d’un embryon de poisson-zèbre dans une image en lumière transmise. Avec l’autorisation de Guo Lab, UCSF
IN Carta Phenoglyphs
Le module logiciel IN Carta® Phenoglyphs™ utilise une combinaison unique d’apprentissage machine non supervisé et supervisé pour quantifier les variations phénotypiques. En utilisant plusieurs centaines de caractéristiques cellulaires qui peuvent être analysées simultanément, un profil phénotypique complet est créé et peut être appliqué à l’'ensemble du processus de criblage. Cette approche multivariée de la classification permet une caractérisation précise des populations d’objets, ce qui vous permet de faire face au moindre petit changement phénotypique induit par un traitement médicamenteux ou une modification génétique. Elle peut être utilisée sur de nombreuses cibles biologiques, notamment les organoïdes, les cellules, les sphéroïdes, etc.
Classification de sphéroïdes formés à partir de cellules HCT116. Les sphéroïdes ont été segmentés d’après des images en fond clair à l’aide du module SINAP. L’échantillon a également été contre-coloré avec les colorants Hoechst 33342, Calcein AM et MitoTracker Red pour visualiser respectivement les noyaux, les cellules vivantes et les mitochondries.
- Complet : Approche orientée sur les données qui commence par un regroupement sans surveillance afin de trouver des profils naturels dans les données et de mettre en avant des sous-populations sans connaissance préalable des phénotypes qui peuvent exister.
- Robuste : L’algorithme d’apprentissage machine dédié identifie l’ensemble optimal de caractéristiques descriptives pour éviter un ajustement excessif du modèle de classification qui en résulte.
- Flux de travail optimisé : Une classification est possible en confirmant ou en corrigeant simplement les prévisions de l’algorithme jusqu’à ce que le système apprenne le comportement correct.
Éditeur de modules personnalisés IN Carta 2D et 3D
- Créez une analyse personnalisée simple, étape par étape
- Personnalisez la segmentation et la classification des objets
- Trouvez des objets localisés dans des compartiments biologiques définis
- Rapportez uniquement les mesures requises pour un test d’intérêt
- Analysez les données d’imagerie en temps réel
- Segmentation 3D réelle (application 3D uniquement)
- Reconstruction robuste de la segmentation 2D en volume pour les tests 3D (application 3D uniquement)
Exemple de segmentation des cellules HCT116 formant un sphéroïde, segmenté dans l’éditeur de module personnalisé 3D et visualisé dans la visionneuse 3D
Système d’imagerie haut contenu ImageXpress® Confocal HT.ai
Plusieurs sources de puissante lumière laser, un module à disque confocal pénétrant en profondeur dans les tissus, des objectifs à immersion dans l'eau et un logiciel moderne d’analyse à apprentissage machine
- Idéal pour les tests cellulaires très complexes et les tests 3D
- Lasers haute intensité à 7 canaux générant des images plus nettes avec un rapport signal/bruit plus élevé
- Technologie à disque confocal rotatif pour une pénétration plus profonde dans les tissus, permettant d’obtenir des images plus nettes avec une meilleure résolution
- Objectifs à immersion dans l’eau pouvant offrir un signal multiplié par 4 avec des temps d’exposition inférieurs pour plus de sensibilité et de clarté des images
Analyse avancée, dans le nuage, avec StratoMineR
Générez des données claires et approfondies à partir d’ensembles de données complexes
Des flux de travail puissants et intuitifs permettent de transférer des données d’imagerie haut contenu directement dans StratoMineR, où elles sont utilisées pour générer des visualisations riches et interactives à l’aide de méthodes d’exploration de données avancées. Lorsque le logiciel d’analyse d’images IN Carta est utilisé, cela permet d’obtenir des résultats quantitatifs robustes à partir d’images et d’ensembles de données biologiques complexes en utilisant une technologie d’IA avancée. Utilisez toutes vos données haut contenu pour découvrir, caractériser et analyser des phénotypes.
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Ressources sur le logiciel d’analyse d’images IN Carta
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