Systèmes automatisés de repiquage de colonies microbiennes QPix 400Series
Système de criblage microbien automatisé pouvant sélectionner jusqu’à 3000 colonies par heure
Système de repiquage de colonies pour criblage microbien avec suivi des échantillons et manipulation de plaques
Les systèmes de repiquage de colonies microbiennes QPix® 400 Series associent l’analyse intelligente des images à une automatisation précise pour un criblage rapide et efficace de grandes bibliothèques. Pouvant repiquer jusqu’à 3000 colonies par heure, il optimise votre flux de travail. En plus du criblage microbien, le système automatise plusieurs processus de préparation d’échantillons et de manipulation de plaques, notamment le transfert des cultures bactériennes liquides et l'ensemencement sur agar. Proposant une gamme d'outil pour vos tests et pour le suivi de vos données, le logiciel QPix optimise le contrôle et la gestion des processus complexes et itératifs.
Caractéristiques
-
Pointes propres à l’organisme
Des pointes de différentes formes, ou adaptées à différentes zones, maximisent l’efficacité du repiquage d’E. coli, de phages et de levures. Des pointes dédiées à l'ensemencement garantissent la distribution uniforme des cultures liquides sur l’agar.
-
Plusieurs modes d'imagerie
Les colonies peuvent être repiquées selon des paramètres prédéfinis en utilisant la lumière blanche, la fluorescence et la couleur. L’utilisation de filtres permet l’exécution d’applications telles que le criblage blanc/bleu.
-
Ensemencement et étalement
L'ensemencement et l'étalement automatisés de 96 échantillons peuvent être réalisés en 30 minutes, vous permettant de consacrer votre temps à autre chose.
-
Réplication, maillage et repiquage des hits
Le suivi et la manipulation automatisés des plaques optimisent la gestion des échantillons et des tests en aval. Les systèmes de repiquage de colonies QPix est particulièrement flexible concernant la réplication de plaques, le maillage et le repiquage de hits.
-
Détection de l’agar
Un capteur de niveau d’agar ultrasonique détecte les différences de niveau découlant du volume de distribution variable, pour une efficacité de repiquage maximale.
-
Options d’automatisation évolutives*
Le modèle QPix HT est une solution robot-compatible avec un pont modulaire. L’équipe Advanced Workflow Engineering Solutions peut personnaliser un système de sélection de colonies en y intégrant plusieurs services personnalisés.
-
Blog
Prévisions de la technologie des sciences de la vie pour 2021
Life sciences technology predictions for 2021
Durant plus de30ans Molecular Devices est à l'avant garde des avancées technologiques qui contribuent à de significatives percées scientifiques. Pour débuter la nouvelle année, nous…
-
Infographie
Repiquage de colonies pour les études de microbiomes
Colony picking for microbiome studies
Voyez comme les systèmes de repiquage de colonies automatisés peuvent accélérer le processus d’étude de microbiomes.
Applications des systèmes de repiquage de colonies microbiennes QPix 400 Series
-
Zone d’inhibition des antibiotiques
L’efficacité d’une souche bactérienne produisant un antibiotique sur une souche bactérienne cible peut être mesurée en se basant sur la taille de la zone d’inhibition produite sur un tapis bactérien. Le logiciel QPix vous permet d’identifier, de classer et de repiquer rapidement les colonies microbiennes produisant des zones d’inhibition. L’analyse d’images intelligente permet de mesurer les zones d’inhibition sur le tapis bactérien et de réaliser un classement selon la taille de la colonie, le diamètre du halo et la compacité.
Zone d’inhibition des antibiotiques
L’efficacité d’une souche bactérienne produisant un antibiotique sur une souche bactérienne cible peut être mesurée en se basant sur la taille de la zone d’inhibition produite sur un tapis bactérien. Le logiciel QPix vous permet d’identifier, de classer et de repiquer rapidement les colonies microbiennes produisant des zones d’inhibition. L’analyse d’images intelligente permet de mesurer les zones d’inhibition sur le tapis bactérien et de réaliser un classement selon la taille de la colonie, le diamètre du halo et la compacité.
Biocarburants
L’une des principales ressources d’énergie alternative est le biodiesel, un combustible hautement énergétique se composant principalement de triacylglycérols. La production de biodiesel à partir de systèmes microbiens produisant des lipides implique le criblage de milliers de clones, ce qui nécessite l’exécution de multiples tests tels que les tests avec l'acide bicinchoninique (BCA), les mesures de densité optique et les tests de chromatographie en phase gazeuse. Les systèmes de repiquage de colonies QPix automatisent le repiquage des colonies, un processus fastidieux et sujet à l’erreur, accélérant ainsi la détection de candidats appropriés.
Biocarburants
L’une des principales ressources d’énergie alternative est le biodiesel, un combustible hautement énergétique se composant principalement de triacylglycérols. La production de biodiesel à partir de systèmes microbiens produisant des lipides implique le criblage de milliers de clones, ce qui nécessite l’exécution de multiples tests tels que les tests avec l'acide bicinchoninique (BCA), les mesures de densité optique et les tests de chromatographie en phase gazeuse. Les systèmes de repiquage de colonies QPix automatisent le repiquage des colonies, un processus fastidieux et sujet à l’erreur, accélérant ainsi la détection de candidats appropriés.
-
Criblage blanc/bleu
Le criblage des transformants bactériens qui renferment des plasmides recombinants avec des insertions de gène cloné est une étape essentielle du clonage moléculaire. Une méthode à rapporteurs colorimétriques appelée « criblage blanc/bleu » est une solution pratique, fondée sur la couleur, pour l’identification des colonies recombinantes et non recombinantes. Les systèmes de repiquage de colonies QPix offrent une solution automatisée spécialement conçue pour le criblage colorimétrique blanc/bleu précis en imagerie à lumière blanche, pour un véritable suivi de l’efficacité de transformation. D’autres approches colorimétriques telles que le « criblage rouge/blanc » peuvent également être appliquées sur nos systèmes.
Criblage blanc/bleu
Le criblage des transformants bactériens qui renferment des plasmides recombinants avec des insertions de gène cloné est une étape essentielle du clonage moléculaire. Une méthode à rapporteurs colorimétriques appelée « criblage blanc/bleu » est une solution pratique, fondée sur la couleur, pour l’identification des colonies recombinantes et non recombinantes. Les systèmes de repiquage de colonies QPix offrent une solution automatisée spécialement conçue pour le criblage colorimétrique blanc/bleu précis en imagerie à lumière blanche, pour un véritable suivi de l’efficacité de transformation. D’autres approches colorimétriques telles que le « criblage rouge/blanc » peuvent également être appliquées sur nos systèmes.
Séquençage ADN
Le séquençage est la lecture de l’ordre précis des nucléotides adénine (A), guanine (G), cytosine (C) et thymine dans une molécule d’ADN. Le séquençage en aléatoire (shotgun) est une méthode où l’ADN est fragmenté en parties de 1 kilobase qui sont ensuite sous-clonées en plasmides circulaires, puis transformées dans des bactéries. Le repiquage automatisé des colonies est essentiel pour améliorer le débit et l’isolation des plasmides aux fins de séquençage. Les systèmes de repiquage de colonies QPix jouissent d’une solide réputation de fiabilité et de précision et ont été utilisés dans de nombreux centres de séquençage dans le cadre du projet Génome Humain. Dans de nombreux domaines de recherche, dont l’élaboration des vaccins, les techniques de séquençage traditionnelles sont encore utilisées.
Séquençage ADN
Le séquençage est la lecture de l’ordre précis des nucléotides adénine (A), guanine (G), cytosine (C) et thymine dans une molécule d’ADN. Le séquençage en aléatoire (shotgun) est une méthode où l’ADN est fragmenté en parties de 1 kilobase qui sont ensuite sous-clonées en plasmides circulaires, puis transformées dans des bactéries. Le repiquage automatisé des colonies est essentiel pour améliorer le débit et l’isolation des plasmides aux fins de séquençage. Les systèmes de repiquage de colonies QPix jouissent d’une solide réputation de fiabilité et de précision et ont été utilisés dans de nombreux centres de séquençage dans le cadre du projet Génome Humain. Dans de nombreux domaines de recherche, dont l’élaboration des vaccins, les techniques de séquençage traditionnelles sont encore utilisées.
-
Anticorps monoclonaux (mAb)
Les anticorps monoclonaux (mAb) sont issus d’une cellule parent unique et ne se lient donc qu’à un seul épitope. La détection d’anticorps monoclonaux renvoie généralement au criblage et à l’identification d’anticorps spécifiques qui ciblent un épitope spécifique pour le diagnostic et le traitement de maladies, comme le coronavirus pour la COVID-19.
Anticorps monoclonaux (mAb)
Les anticorps monoclonaux (mAb) sont issus d’une cellule parent unique et ne se lient donc qu’à un seul épitope. La détection d’anticorps monoclonaux renvoie généralement au criblage et à l’identification d’anticorps spécifiques qui ciblent un épitope spécifique pour le diagnostic et le traitement de maladies, comme le coronavirus pour la COVID-19.
Expression des phages
Le Phage display est une technique permettant d’étudier l’interaction entre des protéines, des peptide ou des séquences ADN, et une protéine cible. Cet outil moléculaire permet de découvrir des liants de haute affinité en utilisant des bactériophages afin de présenter une protéine cible sur l’extérieur de la capside virale, tout en renfermant l’ADN codant pour la protéine cible dans la capside virale. Les phages affichés peuvent faire l’objet d’un criblage à haut débit afin de déterminer une liaison par rapport à une bibliothèque de peptides ou de protéines. Les systèmes de repiquage de colonies QPix peuvent être utilisés pour automatiser l’inoculation, l'ensemencement, l’étalement et le repiquage dans un flux de travail de Phage display.
Expression des phages
Le Phage display est une technique permettant d’étudier l’interaction entre des protéines, des peptide ou des séquences ADN, et une protéine cible. Cet outil moléculaire permet de découvrir des liants de haute affinité en utilisant des bactériophages afin de présenter une protéine cible sur l’extérieur de la capside virale, tout en renfermant l’ADN codant pour la protéine cible dans la capside virale. Les phages affichés peuvent faire l’objet d’un criblage à haut débit afin de déterminer une liaison par rapport à une bibliothèque de peptides ou de protéines. Les systèmes de repiquage de colonies QPix peuvent être utilisés pour automatiser l’inoculation, l'ensemencement, l’étalement et le repiquage dans un flux de travail de Phage display.
-
Évolution des protéines
L’évolution des protéines décrit les modifications dans le temps de la forme, de la fonction et de la composition des protéine. L’évolution dirigée des protéines est une stratégie efficace pour l’altération ou l’amélioration de l’activité des macromolécules dans les applications industrielles, de recherche et thérapeutiques. Doté de plusieurs filtres fluorescents, le système est compatible avec un large éventail de vecteurs de clonage fluorescents. Les systèmes de repiquage de colonies QPix vous permettent ainsi d’obtenir des informations uniques à propos de chaque colonie lors d’une étude du repliement des protéines, de l’évolution des enzymes et de la localisation des protéines. Cela s’applique aussi à la recherche des marqueurs de transformation et au criblage des mutations.
Évolution des protéines
L’évolution des protéines décrit les modifications dans le temps de la forme, de la fonction et de la composition des protéine. L’évolution dirigée des protéines est une stratégie efficace pour l’altération ou l’amélioration de l’activité des macromolécules dans les applications industrielles, de recherche et thérapeutiques. Doté de plusieurs filtres fluorescents, le système est compatible avec un large éventail de vecteurs de clonage fluorescents. Les systèmes de repiquage de colonies QPix vous permettent ainsi d’obtenir des informations uniques à propos de chaque colonie lors d’une étude du repliement des protéines, de l’évolution des enzymes et de la localisation des protéines. Cela s’applique aussi à la recherche des marqueurs de transformation et au criblage des mutations.
Biologie de synthèse
La biologie de synthèse est un terme général qui fait référence à la manipulation de voies génétiques pour exploiter la puissance de systèmes biologiques existants de façon novatrice (souvent pour fabriquer des molécules ou des protéines). La biologie de synthèse applique des principes qui dérivent de l’ingénierie, spécifiquement des cycles de « conception-fabrication-mise à l’essai-apprentissage », à des systèmes biologiques. En utilisant des protocoles haut débit, les biologistes de synthèse peuvent accélérer ce processus.
Biologie de synthèse
La biologie de synthèse est un terme général qui fait référence à la manipulation de voies génétiques pour exploiter la puissance de systèmes biologiques existants de façon novatrice (souvent pour fabriquer des molécules ou des protéines). La biologie de synthèse applique des principes qui dérivent de l’ingénierie, spécifiquement des cycles de « conception-fabrication-mise à l’essai-apprentissage », à des systèmes biologiques. En utilisant des protocoles haut débit, les biologistes de synthèse peuvent accélérer ce processus.
Caractéristiques et options des systèmes de repiquage de colonies microbiennes QPix 400 Series
Ressources des systèmes de repiquage de colonies microbiennes QPix 400 Series
-
Blog
Prévisions de la technologie des sciences de la vie pour 2021
Life sciences technology predictions for 2021
Durant plus de30ans Molecular Devices est à l'avant garde des avancées technologiques qui contribuent à de significatives percées scientifiques. Pour débuter la nouvelle année, nous…
-
Infographie
Repiquage de colonies pour les études de microbiomes
Colony picking for microbiome studies
Voyez comme les systèmes de repiquage de colonies automatisés peuvent accélérer le processus d’étude de microbiomes.
-
Infographie
Repiquage de colonies en biologie de synthèse
Colony picking in synthetic biology
Voyez comme les systèmes de repiquage de colonies automatisés peuvent accélérer le processus de recherche en biologie de synthèse.
Brochure
Solutions de criblage de clones
Clone screening solutions
Faites avancer le criblage de clones de mammifères et de microbes grâce à des technologies automatisées éprouvées
Dépliant
Optimisez votre flux de travail en biologie de synthèse grâce à des solutions de Beckman Coulter Life Sciences et de Molecular Devices
Streamline your synthetic biology workflow with solutions from Beckman Coulter Life Sciences and Molecular Devices
La biologie de synthèse est une science interdisciplinaire susceptible d’impacter les applications universitaires et industrielles, y compris la création de nouveaux agents thérapeutiques et vaccins,…
-
Dépliant
Faire d’autres choses grâce à QPix
QPix Walkaway Time
La mise à l'échelle est un facteur de plus en plus important en biologie. La capacité à extrapoler un processus accroît les probabilités d’identifier plus facilement et plus efficacement…
-
Blog
Découvrez notre chercheur en applications sur le terrain : Dwayne Carter
Get to know our Field Applications Scientist: Dwayne Carter
Dwayne Carter nous donne un avant-goût de la bio-impression 3D, ducriblage des clones et de la cuisine caribéenne. Dwayne Carter, biologiste cellulaire et formateur, a rejoint Molecular Devices en novembre 2020…
-
Brochure
Série de repiquage de colonies QPix
QPix colony picking series
Les systèmes QPix™ ont acquis une réputation bien méritée pour leur performance et leur fiabilité lors de la course au séquençage du génome humain avec le projet Génome humain et continuent de soutenir…
Livre électronique
Accélérez le développement d’un vaccin
Accelerate vaccine development
L’immunologie constitue plus que jamais l’un des principaux domaines de la recherche. Les anticorps monoclonaux (mAb) continuent à être suivis avec grand intérêt comme agents thérapeutiques potentiels…
Avancées de nos clients
Inscripta permet aux chercheurs de réaliser une édition génomique numérique…
Inscripta enables scientists to perform digital genome editing…
L’objectif d’Inscripta est de démocratiser l’édition génomique évolutive en offrant une plateforme globale se composant d’un logiciel, d’un instrument, de réactifs et de consommables pour obtenir…
-
Dépliant
Aiguilles de repiquage spécifiques aux différents organismes de la série QPIX 400
Organism-specific picking pins of the QPIX 400 series
Document d’une page abordant les avantages de la gamme de têtes QPix, les différentes caractéristiques des aiguilles et l’avantage du système de bain de lavage.
-
Dépliant
Avancées en matière de criblage d’affichage de phages grâce à l’innovation technologique
Advances in phage display screening with technology innovation
L’affichage de phages a été décrit pour la première fois en 1985, lorsque George P. Smith a démontré une manière d'insérer un gène exogène pour une protéine d’intérêt dans un gène codant pour une protéine d’enveloppe de bactériophage. Ce…
Publications
Filtre QPix™ Chroma, filtre à couches minces optiques pour la sélection de colonies bleues/blanches
QPix™ Chroma Filter Thin Film Optical Filter for Blue/White Colony Selection
Le filtre QPix™ Chroma est un filtre optique translucide à couche mince offrant une méthode robuste pour sélectionner en toute confiance des colonies bactériennes rares selon…
-
Brochure
Appareils personnalisés de sélection de colonies microbiennes QPix
QPix Custom Microbial Colony Pickers
L’Edinburgh Genome Foundry (EGF) se consacre à la conception et à l’assemblage automatisés de grandes constructions d’ADN à l’aide d’une plateforme robotique entièrement automatisée. Un système de sélection automatisé de colonies est nécessaire…
-
Avancées de nos clients
L’École de Médecine d’Harvard utilise des systèmes de repiquage de colonies QPix pour cartographier les réseaux d’interactions macromoléculaires afin de mieux comprendre la relation entre les gènes et les phénotypes
Harvard Medical School uses the QPix colony pickers to map networks of macromolecular interactions to help understand phenotype to gene relationship
À l’institut contre le cancer Dana Farber, le « CCSB » (Center for Cancer Systems Biology) utilise des stratégies informatisées pour déchiffrer des interactions biologiques complexes. En utilisant…
-
Avancées de nos clients
Zymergen utilise les systèmes de repiquage de colonies QPix pour améliorer la production de microbes utilisés dans la fermentation industrielle
Zymergen uses the QPix colony pickers to make better microbes in industrial fermentation
Zymergen est une entreprise technologique qui emploie la biologie à haut débit pour mener la prochaine révolution industrielle. Leur méthode de conception, de construction et de tests de microbes reposent sur des…
-
Brochure
Réactifs et consommables
Reagents and Supplies
Molecular Devices propose des produits et des solutions inégalés utilisant l’imagerie et l’analyse d’images intelligente pour faciliter la recherche fondamentale, le développement pharmaceutique et biothérapeutique…
Affiche scientifique
Les appareils de la gamme QPIX 400 Series, plus que de simples appareils de repiquage robotisé de colonies microbiennes, utilisent un logiciel amélioré et de nouvelles fonctions de sélection de colonies
The QPIX 400 Series, more than just Robotic Microbial Colony Pickers with Enhanced Software and New Colony Selection Features
Consultez l’affiche sur la gamme QPIX 400 Series, qui permet l’automatisation de l’intégralité du protocole, de la sélection au repiquage des colonies, ce qui réduit les temps de travail et améliore la productivité globale…
-
Affiche scientifique
Validation des appareils de repiquage de colonie microbienne de nouvelle génération, utilisant la fluorescence dans une solution de flux de travail complet
Validation of Next Generation Microbial Colony Pickers using Fluorescence in a Complete Workflow Solution
Téléchargez le PDF pour plus d'informations sur la gamme des systèmes de repiquage de colonies microbiennes QPix 400 Series avec criblage sélectif pour les clones rares.
-
Affiche scientifique
Criblage et sélection haut débit de micro-organismes à forte production de lipides pour biocarburants
High-Throughput Screening and Selection of High Lipid Producers for Biofuels
Découvrez comment le repiquage des colonies à forte production de lipides peut être réalisée au moyen d’un criblage primaire initial grâce au repiquage des colonies avec intensité élevée de fluorescence Rouge de Nil.
Fiche technique
Au-delà d'E. coli : transfert efficace et automatisé de colonies microbiennes pour une grande variété de micro-organismes
Not just E. coli — Efficient, Automated Microbial Colony Transfer for a Wide Variety of Microorganisms
Découvrez comment les systèmes de sélection de colonies microbiennes automatisés QPix répondent à vos besoins de recherche pour une vaste gamme de flux de travail en biologie microbienne.
Note d'application
Sélection de colonies bactériennes fluorescentes avec les systèmes QPix 400
Fluorescent Bacterial Colony Selection Using QPix 400 Systems
Le criblage des transformants bactériens qui hébergent un plasmide ligaturé au gène d’intérêt est devenu plus facile à réaliser grâce aux vecteurs de gènes rapporteurs fluorescents. Fluorescence…
-
Note d'application
Sélection facile avec le QPix 400 : multiples modalités de sélection, large gamme de micro-organismes
Easy picking with the QPix 400: multiple selection modalities, wide range of microorganisms
Avec leurs algorithmes sophistiqués, leur logiciel convivial permettant de personnaliser les critères de sélection, ainsi que des algorithmes et accessoires propres à l’organisme, les systèmes de repiquage de colonies QPix 400 Series sont…
-
Note d'application
Sélection et criblage haut débit de micro-organismes à forte production de lipides pour biocarburants
High-throughput screening and selection of high lipid producers for biofuels
L’un des améliorations significatives apportées à la production de biocarburant est l’identification robuste, et plus rapide, des hits de valeur, ce qui est rendue possible par la lecture fonctionnelle objective du produit fini dans…
-
Note d'application
Profitez de modèles d'ensemencement personnalisables et d’une flexibilité accrue pour la manipulation des échantillons grâce au système de repiquage de colonies microbiennes automatisé QPix 460
Take advantage of customizable plating patterns for extra flexibility in sample handling with the QPix 460 automated microbial colony picker system
Consultez les détails relatifs aux modèles d'ensemencement personnalisables sur le système de repiquage de colonies microbiennes automatisé QPix 460. Pour en savoir plus, lisez cette note d’application.
-
Note d'application
Métagénomique de synthèse : reconversion des informations numériques en informations biologiques
Synthetic metagenomics: converting digital information back to biology
Les chercheurs du Department of Energy’s Joint Genome Institute (DoE JGI) aux États-Unis ont développé des processus métagénomiques de synthèse pris en charge par des technologies de criblage haut débit pour…
-
Note d'application
Criblage de fluorescence étendu avec le QPix 400Series
Expanded fluorescence screening using QPix 400 series
Le criblage de bactéries est une méthode couramment utilisée pour détecter les bactéries recombinantes dans le clonage moléculaire avec vecteur. Il peut également être utilisé pour mesurer l’expression spécifique de protéines et…
-
Avancées de nos clients
L’Université d’Édimbourg utilise des systèmes de repiquage de colonies QPix pour accroître sa production d’ADN
University of Edinburgh uses QPix colony pickers to scale up DNA manufacturing
L’Edinburgh Genome Foundry (EGF) fabrique du matériel génétique pour ses clients en utilisant une plateforme robotique totalement automatisée, créant et modifiant des brins d’ADN pouvant atteindre…
Conseils pour automatiser les applications de clonage moléculaire et d’ingénierie des souches
Vidéo de démonstration QPix
Voir le QPix en action à la Genome Foundry d’Édimbourg
Flux de travail de développement dans l'immunologie et les vaccins
Discussion sur SynBioBeta - QPix 2020
Sélection de plaques
Métagénomique synthétique : reconversion des informations numériques en informations biologiques
QPix 400
Number of Citations*: 322
Latest Citations: For a complete list, please click here .
*Source: https://scholar.google.com/
Dated: Oct 28, 2014Publication Name: Front. MicrobiolImpact of interspecific interactions on antimicrobial activity among soil bacteria
Certain bacterial species produce antimicrobial compounds only in the presence of a competing species. However, little is known on the frequency of interaction-mediated induction of antibiotic compound production in natural communities of soil bacteria. Here we developed a high-throughput method to screen for the production of antimicrobial… View moreCertain bacterial species produce antimicrobial compounds only in the presence of a competing species. However, little is known on the frequency of interaction-mediated induction of antibiotic compound production in natural communities of soil bacteria. Here we developed a high-throughput method to screen for the production of antimicrobial activity by monocultures and pair-wise combinations of 146 phylogenetically different bacteria isolated from similar soil habitats. Growth responses of two human pathogenic model organisms, Escherichia coli WA321 and Staphylococcus aureus 533R4, were used to monitor antimicrobial activity. From all isolates, 33% showed antimicrobial activity only in monoculture and 42% showed activity only when tested in interactions. More bacterial isolates were active against S. aureus than against E. coli. The frequency of interaction-mediated induction of antimicrobial activity was 6% (154 interactions out of 2798) indicating that only a limited set of species combinations showed such activity. The screening revealed also interaction-mediated suppression of antimicrobial activity for 22% of all combinations tested. Whereas all patterns of antimicrobial activity (non-induced production, induced production and suppression) were seen for various bacterial classes, interaction-mediated induction of antimicrobial activity was more frequent for combinations of Flavobacteria and alpha- Proteobacteria. The results of our study give a first indication on the frequency of interference competitive interactions in natural soil bacterial communities which may forms a basis for selection of bacterial groups that are promising for the discovery of novel, cryptic antibiotics.
Contributors: Olaf Tyc, Marlies van den Berg, Saskia Gerards, Johannes A. van Veen, Jos M. Raaijmakers, Wietse de Boer, and Paolina Garbeva
Go to article-
Dated: Mar 19, 2004Publication Name: The Journal of Biological Chemistry
Improved Catalytic Efficiency and Active Site Modification of 1,4-β-D-Glucan Glucohydrolase A from Thermotoga neapolitana by Directed Evolution*
Thermotoga neapolitana 1,4-β-D-glucan glucohydrolase A preferentially hydrolyzes cello-oligomers, such as cellotetraose, releasing single glucose moieties from the reducing end of the cello-oligosaccharide chain. Using directed evolution techniques of error-prone PCR and mutant library screening, a variant glucan glucohydrolase has been isolated… View moreThermotoga neapolitana 1,4-β-D-glucan glucohydrolase A preferentially hydrolyzes cello-oligomers, such as cellotetraose, releasing single glucose moieties from the reducing end of the cello-oligosaccharide chain. Using directed evolution techniques of error-prone PCR and mutant library screening, a variant glucan glucohydrolase has been isolated that hydrolyzes the disaccharide, cellobiose, at a 31% greater rate than its wild type (WT) predecessor. The mutant library, expressed in Escherichia coli, was screened at 85 °C for increased hydrolysis of cellobiose, a native substrate rather than a chromogenic analog, using a continuous, thermostable coupled enzyme assay. The Vmax for the mutant was 108 ± 3 units mg-1, whereas that of the WT was 75 ± 2 units mg-1. The Km for both proteins was nearly the same. The kcat for the new enzyme increased by 31% and its catalytic efficiency (kcat/Km) for cellobiose also rose by 31% as compared with the parent. The nucleotide sequence of two positive clones and two null clones identified 11 single base shifts. The nucleotide transition in the most active clone caused an isoleucine to threonine amino acid substitution at position 170. Structural models for I170T and WT proteins were derived by sequence homology with Protein Data Bank code 1BGA from Paenibacillus polymyxa. Analysis of the WT and I170T model structures indicated that the substitution in the mutant enzyme repositioned the conserved catalytic residue Asn-163 and reconfigured entry to the active site.
Contributors: James K. McCarthy, Aleksandra Uzelac, Diane F. Davis and Douglas E. Eveleigh
Go to article -
Dated: Aug 21, 2003Publication Name: the plant journal
The transcriptional response of Arabidopsis to genotoxic stress – a high‐density colony array study (HDCA)
A genome‐wide transcription profiling of Arabidopsis upon genotoxic stress has been performed using a high‐density colony array (HDCA). The array was based on a library of 27 000 cDNA clones derived from Arabidopsis cells challenged with bleomycin plus mitomycin C. The array covers more than 10 000 individual genes (corresponding to at least 40%… View moreA genome‐wide transcription profiling of Arabidopsis upon genotoxic stress has been performed using a high‐density colony array (HDCA). The array was based on a library of 27 000 cDNA clones derived from Arabidopsis cells challenged with bleomycin plus mitomycin C. The array covers more than 10 000 individual genes (corresponding to at least 40% of Arabidopsis genes). After hybridisation of the HDCA with labelled cDNA probes obtained from genotoxin‐treated (bleomycin plus mitomycin C, 6 h) and untreated seedlings, 39 genes revealed an increased and 24 genes a decreased expression among the 3200 highly expressed clones (representing approximately 1200 individual genes because of redundancy of the cDNA library). Of the 4900 clones with a low transcriptional level, the expression of 500 clones was found to be altered and 57 genes with increased and 22 genes with decreased expression were identified by sequence analysis of 135 identified clones. The HDCA results were validated by real‐time PCR analysis. For about 80% of genes (34 out of 42), alteration in expression was confirmed, indicating the reliability of the HDCA for transcription profiling. DNA damage and stress‐responsive genes encoding, for instance transcription factors (myb protein and WRKY1), the ribonucleotide reductase small subunit (RNR2), thymidine kinase (TK), an AAA‐type ATPase, the small subunit of a DNA polymerase and a calmodulin‐like protein were found to be strongly upregulated. Also, several genes involved in cell cycle regulation revealed significant alteration in transcription, as detected by real‐time PCR analysis, suggesting disturbance of cell cycle progression by mutagen treatment.
Contributors: I‐Peng Chen, Urs Haehnel, Lothar Altschmied, Ingo Schubert, Holger Puchta
Go to article
Produits et services connexes des systèmes de repiquage de colonies microbiennes QPix 400 Series
Applications particulières
Zone d’inhibition des antibiotiques
L’efficacité d’une souche bactérienne produisant un antibiotique sur une souche bactérienne cible peut être…
Biocarburants
L’une des principales ressources d’énergie alternative est le biodiesel, un combustible hautement énergétique…
Criblage blanc/bleu
Le criblage des transformants bactériens qui renferment des plasmides recombinants avec des insertions de gène cloné est…
Séquençage ADN
Le séquençage consiste en la lecture de l’ordre précis de l’adénine (A), guanine (G), cytosine (C), et thymine…
Anticorps monoclonaux (mAb)
Les anticorps monoclonaux (mAb) sont issus d’une cellule parent unique et ne se lient donc qu’à un seul…
Expression des phages
Le Phage display est une technique permettant d’étudier l’interaction entre des protéines, des peptides ou des séquences d'ADN avec…
Évolution des protéines
L’évolution des protéines décrit les modifications dans le temps de la forme, de la fonction et de la composition des protéines…
Biologie de synthèse
La biologie de synthèse est un terme général qui fait référence à la manipulation de voies génétiques pour exploiter…
Avancées de nos clients
RÉUSSITES
Inscripta permet aux chercheurs de réaliser une édition génomique numérique…
Comment pouvons-nous vous aider à progresser vers votre prochaine grande découverte ?
Nos équipes hautement qualifiées sont en première ligne avec vous, réalisant des démonstrations des produits à distance ou sur site, des webinaires, et bien plus encore, pour vous aider à résoudre les défis liées à vos recherches. Comment pouvons-nous vous aider aujourd’hui ?