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Système de repiquage de colonies pour criblage microbien avec suivi des échantillons et manipulation de plaques

Les systèmes de repiquage de colonies microbiennes QPix® 400 Series associent l’analyse intelligente des images à une automatisation précise pour un criblage rapide et efficace de grandes bibliothèques. Pouvant repiquer jusqu’à 3000 colonies par heure, il optimise votre flux de travail. En plus du criblage microbien, le système automatise plusieurs processus de préparation d’échantillons et de manipulation de plaques, notamment le transfert des cultures bactériennes liquides et l'ensemencement sur agar. Proposant une gamme d'outil pour vos tests et pour le suivi de vos données, le logiciel QPix optimise le contrôle et la gestion des processus complexes et itératifs.

  • Icône Portée

    Identification des colonies au phénotype désiré

    Les systèmes de repiquage de colonies QPix prennent en charge un grand nombre de micro-organismes et plusieurs modalités de sélection, notamment l’intensité de la fluorescence, le criblage blanc/bleu, la taille et la proximité de colonies, et la zone d’inhibition.

  • Icône Sélectionner

    Sélection efficace des colonies

    Un jeu de pointes propres à l’organisme et un capteur d’agar garantissent l’efficacité du repiquage. Avec un degré d’efficacité de repiquage de > 98 %, le système peut être laissé sans surveillance en toute confiance.

  • Icône Stérilité

    Maintien de la stérilité

    De nombreuses caractéristiques de stérilité sont disponibles, notamment une lumière UV pour l'aseptisation de l’intérieur de l’instrument, ainsi que le lavage et le séchage halogène des pointes.

Caractéristiques

  • Icône Efficacité

    Pointes propres à l’organisme

    Des pointes de différentes formes, ou adaptées à différentes zones, maximisent l’efficacité du repiquage d’E. coli, de phages et de levures. Des pointes dédiées à l'ensemencement garantissent la distribution uniforme des cultures liquides sur l’agar.

  • Icône Plusieurs choix

    Plusieurs modes d'imagerie

    Les colonies peuvent être repiquées selon des paramètres prédéfinis en utilisant la lumière blanche, la fluorescence et la couleur. L’utilisation de filtres permet l’exécution d’applications telles que le criblage blanc/bleu.

  • Icône Gain de temps

    Ensemencement et étalement

    L'ensemencement et l'étalement automatisés de 96 échantillons peuvent être réalisés en 30 minutes, vous permettant de consacrer votre temps à autre chose.

  • Icône Simplification

    Réplication, maillage et repiquage des hits

    Le suivi et la manipulation automatisés des plaques optimisent la gestion des échantillons et des tests en aval. Les systèmes de repiquage de colonies QPix est particulièrement flexible concernant la réplication de plaques, le maillage et le repiquage de hits.

  • Icône Efficacité

    Détection de l’agar

    Un capteur de niveau d’agar ultrasonique détecte les différences de niveau découlant du volume de distribution variable, pour une efficacité de repiquage maximale.

  • Icône Automatisatio

    Options d’automatisation évolutives*

    Le modèle QPix HT est une solution robot-compatible avec un pont modulaire. L’équipe Advanced Workflow Engineering Solutions peut personnaliser un système de sélection de colonies en y intégrant plusieurs services personnalisés.

*Le tarif, le délai de livraison et les caractéristiques varient selon les exigences techniques convenues ensemble. Ces exigences peuvent entraîner des changements de la performance standard.

Applications des systèmes de repiquage de colonies microbiennes QPix 400 Series

  • Zone d’inhibition des antibiotiques

    Utilisation du logiciel QPix pour la zone d’inhibition des antibiotiques

    L’efficacité d’une souche bactérienne produisant un antibiotique sur une souche bactérienne cible peut être mesurée en se basant sur la taille de la zone d’inhibition produite sur un tapis bactérien. Le logiciel QPix vous permet d’identifier, de classer et de repiquer rapidement les colonies microbiennes produisant des zones d’inhibition. L’analyse d’images intelligente permet de mesurer les zones d’inhibition sur le tapis bactérien et de réaliser un classement selon la taille de la colonie, le diamètre du halo et la compacité.

    Biocarburants

    Détection de biocarburants dans les systèmes de repiquage de colonies QPix

    L’une des principales ressources d’énergie alternative est le biodiesel, un combustible hautement énergétique se composant principalement de triacylglycérols. La production de biodiesel à partir de systèmes microbiens produisant des lipides implique le criblage de milliers de clones, ce qui nécessite l’exécution de multiples tests tels que les tests avec l'acide bicinchoninique (BCA), les mesures de densité optique et les tests de chromatographie en phase gazeuse. Les systèmes de repiquage de colonies QPix automatisent le repiquage des colonies, un processus fastidieux et sujet à l’erreur, accélérant ainsi la détection de candidats appropriés.

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  • Criblage blanc/bleu

    Criblage blanc/bleu QPix 400

    Le criblage des transformants bactériens qui renferment des plasmides recombinants avec des insertions de gène cloné est une étape essentielle du clonage moléculaire. Une méthode à rapporteurs colorimétriques appelée « criblage blanc/bleu » est une solution pratique, fondée sur la couleur, pour l’identification des colonies recombinantes et non recombinantes. Les systèmes de repiquage de colonies QPix offrent une solution automatisée spécialement conçue pour le criblage colorimétrique blanc/bleu précis en imagerie à lumière blanche, pour un véritable suivi de l’efficacité de transformation. D’autres approches colorimétriques telles que le «  criblage rouge/blanc » peuvent également être appliquées sur nos systèmes. 

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    Séquençage ADN

    Séquençage d’ADN QPix

    Le séquençage est la lecture de l’ordre précis des nucléotides adénine (A), guanine (G), cytosine (C) et thymine dans une molécule d’ADN. Le séquençage en aléatoire (shotgun) est une méthode où l’ADN est fragmenté en parties de 1 kilobase qui sont ensuite sous-clonées en plasmides circulaires, puis transformées dans des bactéries. Le repiquage automatisé des colonies est essentiel pour améliorer le débit et l’isolation des plasmides aux fins de séquençage. Les systèmes de repiquage de colonies QPix jouissent d’une solide réputation de fiabilité et de précision et ont été utilisés dans de nombreux centres de séquençage dans le cadre du projet Génome Humain. Dans de nombreux domaines de recherche, dont l’élaboration des vaccins, les techniques de séquençage traditionnelles sont encore utilisées.

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  • Anticorps monoclonaux (mAb)

    Anticorps monoclonaux (mAb)

    Les anticorps monoclonaux (mAb) sont issus d’une cellule parent unique et ne se lient donc qu’à un seul épitope. La détection d’anticorps monoclonaux renvoie généralement au criblage et à l’identification d’anticorps spécifiques qui ciblent un épitope spécifique pour le diagnostic et le traitement de maladies, comme le coronavirus pour la COVID-19.

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    Expression des phages

    Technique de Phage display des systèmes de repiquage de colonies Qpix

    Le Phage display est une technique permettant d’étudier l’interaction entre des protéines, des peptide ou des séquences ADN, et une protéine cible. Cet outil moléculaire permet de découvrir des liants de haute affinité en utilisant des bactériophages afin de présenter une protéine cible sur l’extérieur de la capside virale, tout en renfermant l’ADN codant pour la protéine cible dans la capside virale. Les phages affichés peuvent faire l’objet d’un criblage à haut débit afin de déterminer une liaison par rapport à une bibliothèque de peptides ou de protéines. Les systèmes de repiquage de colonies QPix peuvent être utilisés pour automatiser l’inoculation, l'ensemencement, l’étalement et le repiquage dans un flux de travail de Phage display.  

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  • Évolution des protéines

    Systèmes de repiquage de colonies microbiennes Évolution des protéines

    L’évolution des protéines décrit les modifications dans le temps de la forme, de la fonction et de la composition des protéine. L’évolution dirigée des protéines est une stratégie efficace pour l’altération ou l’amélioration de l’activité des macromolécules dans les applications industrielles, de recherche et thérapeutiques. Doté de plusieurs filtres fluorescents, le système est compatible avec un large éventail de vecteurs de clonage fluorescents. Les systèmes de repiquage de colonies QPix vous permettent ainsi d’obtenir des informations uniques à propos de chaque colonie lors d’une étude du repliement des protéines, de l’évolution des enzymes et de la localisation des protéines. Cela s’applique aussi à la recherche des marqueurs de transformation et au criblage des mutations.

    Biologie de synthèse

    Biologie de synthèse

    La biologie de synthèse est un terme général qui fait référence à la manipulation de voies génétiques pour exploiter la puissance de systèmes biologiques existants de façon novatrice (souvent pour fabriquer des molécules ou des protéines). La biologie de synthèse applique des principes qui dérivent de l’ingénierie, spécifiquement des cycles de « conception-fabrication-mise à l’essai-apprentissage », à des systèmes biologiques. En utilisant des protocoles haut débit, les biologistes de synthèse peuvent accélérer ce processus.

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Caractéristiques et options des systèmes de repiquage de colonies microbiennes QPix 400 Series

Ressources des systèmes de repiquage de colonies microbiennes QPix 400 Series

Présentations
Vidéos et webinaires
Edinburgh Genome Foundry

Voir le QPix en action à la Genome Foundry d’Édimbourg

Découverte et optimisation d’antigènes/immunogènes

Flux de travail de développement dans l'immunologie et les vaccins

Discussion sur SynBioBeta - QPix 2020

Discussion sur SynBioBeta - QPix 2020

Sélection de plaques

Sélection de plaques

Analyse phylogénétique et métagénomique

Métagénomique synthétique : reconversion des informations numériques en informations biologiques

QPix 400

QPix 400

  • Citation
    Dated: Oct 28, 2014
    Publication Name: Front. Microbiol

    Impact of interspecific interactions on antimicrobial activity among soil bacteria

    Certain bacterial species produce antimicrobial compounds only in the presence of a competing species. However, little is known on the frequency of interaction-mediated induction of antibiotic compound production in natural communities of soil bacteria. Here we developed a high-throughput method to screen for the production of antimicrobial… View more

    Certain bacterial species produce antimicrobial compounds only in the presence of a competing species. However, little is known on the frequency of interaction-mediated induction of antibiotic compound production in natural communities of soil bacteria. Here we developed a high-throughput method to screen for the production of antimicrobial activity by monocultures and pair-wise combinations of 146 phylogenetically different bacteria isolated from similar soil habitats. Growth responses of two human pathogenic model organisms, Escherichia coli WA321 and Staphylococcus aureus 533R4, were used to monitor antimicrobial activity. From all isolates, 33% showed antimicrobial activity only in monoculture and 42% showed activity only when tested in interactions. More bacterial isolates were active against S. aureus than against E. coli. The frequency of interaction-mediated induction of antimicrobial activity was 6% (154 interactions out of 2798) indicating that only a limited set of species combinations showed such activity. The screening revealed also interaction-mediated suppression of antimicrobial activity for 22% of all combinations tested. Whereas all patterns of antimicrobial activity (non-induced production, induced production and suppression) were seen for various bacterial classes, interaction-mediated induction of antimicrobial activity was more frequent for combinations of Flavobacteria and alpha- Proteobacteria. The results of our study give a first indication on the frequency of interference competitive interactions in natural soil bacterial communities which may forms a basis for selection of bacterial groups that are promising for the discovery of novel, cryptic antibiotics.

    Contributors: Olaf Tyc, Marlies van den Berg, Saskia Gerards, Johannes A. van Veen, Jos M. Raaijmakers, Wietse de Boer, and Paolina Garbeva  
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  • Citation
    Dated: Mar 19, 2004
    Publication Name: The Journal of Biological Chemistry

    Improved Catalytic Efficiency and Active Site Modification of 1,4-β-D-Glucan Glucohydrolase A from Thermotoga neapolitana by Directed Evolution*

    Thermotoga neapolitana 1,4-β-D-glucan glucohydrolase A preferentially hydrolyzes cello-oligomers, such as cellotetraose, releasing single glucose moieties from the reducing end of the cello-oligosaccharide chain. Using directed evolution techniques of error-prone PCR and mutant library screening, a variant glucan glucohydrolase has been isolated… View more

    Thermotoga neapolitana 1,4-β-D-glucan glucohydrolase A preferentially hydrolyzes cello-oligomers, such as cellotetraose, releasing single glucose moieties from the reducing end of the cello-oligosaccharide chain. Using directed evolution techniques of error-prone PCR and mutant library screening, a variant glucan glucohydrolase has been isolated that hydrolyzes the disaccharide, cellobiose, at a 31% greater rate than its wild type (WT) predecessor. The mutant library, expressed in Escherichia coli, was screened at 85 °C for increased hydrolysis of cellobiose, a native substrate rather than a chromogenic analog, using a continuous, thermostable coupled enzyme assay. The Vmax for the mutant was 108 ± 3 units mg-1, whereas that of the WT was 75 ± 2 units mg-1. The Km for both proteins was nearly the same. The kcat for the new enzyme increased by 31% and its catalytic efficiency (kcat/Km) for cellobiose also rose by 31% as compared with the parent. The nucleotide sequence of two positive clones and two null clones identified 11 single base shifts. The nucleotide transition in the most active clone caused an isoleucine to threonine amino acid substitution at position 170. Structural models for I170T and WT proteins were derived by sequence homology with Protein Data Bank code 1BGA from Paenibacillus polymyxa. Analysis of the WT and I170T model structures indicated that the substitution in the mutant enzyme repositioned the conserved catalytic residue Asn-163 and reconfigured entry to the active site.

    Contributors: James K. McCarthy, Aleksandra Uzelac, Diane F. Davis and Douglas E. Eveleigh  
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  • Citation
    Dated: Aug 21, 2003
    Publication Name: the plant journal

    The transcriptional response of Arabidopsis to genotoxic stress – a high‐density colony array study (HDCA)

    A genome‐wide transcription profiling of Arabidopsis upon genotoxic stress has been performed using a high‐density colony array (HDCA). The array was based on a library of 27 000 cDNA clones derived from Arabidopsis cells challenged with bleomycin plus mitomycin C. The array covers more than 10 000 individual genes (corresponding to at least 40%… View more

    A genome‐wide transcription profiling of Arabidopsis upon genotoxic stress has been performed using a high‐density colony array (HDCA). The array was based on a library of 27 000 cDNA clones derived from Arabidopsis cells challenged with bleomycin plus mitomycin C. The array covers more than 10 000 individual genes (corresponding to at least 40% of Arabidopsis genes). After hybridisation of the HDCA with labelled cDNA probes obtained from genotoxin‐treated (bleomycin plus mitomycin C, 6 h) and untreated seedlings, 39 genes revealed an increased and 24 genes a decreased expression among the 3200 highly expressed clones (representing approximately 1200 individual genes because of redundancy of the cDNA library). Of the 4900 clones with a low transcriptional level, the expression of 500 clones was found to be altered and 57 genes with increased and 22 genes with decreased expression were identified by sequence analysis of 135 identified clones. The HDCA results were validated by real‐time PCR analysis. For about 80% of genes (34 out of 42), alteration in expression was confirmed, indicating the reliability of the HDCA for transcription profiling. DNA damage and stress‐responsive genes encoding, for instance transcription factors (myb protein and WRKY1), the ribonucleotide reductase small subunit (RNR2), thymidine kinase (TK), an AAA‐type ATPase, the small subunit of a DNA polymerase and a calmodulin‐like protein were found to be strongly upregulated. Also, several genes involved in cell cycle regulation revealed significant alteration in transcription, as detected by real‐time PCR analysis, suggesting disturbance of cell cycle progression by mutagen treatment.

    Contributors: I‐Peng Chen, Urs Haehnel, Lothar Altschmied, Ingo Schubert, Holger Puchta  
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Produits et services connexes des systèmes de repiquage de colonies microbiennes QPix 400 Series